Mikrobiyoloji çalışmalarında izolasyon dendiği zaman bir mikroorganizmayı saf halde elde etmek ifade edilmektedir. Doğal ortamda mikroorganizmalar genel olarak karışık yapıda bulunmakta, çok nadir olarak saf halde bulunmaktadır. Ancak çeşitli amaçlarla mikroorganizmaların saf kültürlerinin elde edilmesi gerekmektedir. Saf kültür, sadece tek bir mikroorganizma hücresinden çoğaltılan mikroorganizma topluluğudur. Örneğin, süt ürünlerinin yapımında kullanılan bakteriler, şarap mayası ve tarımsal mücadelede kullanılan bakteriler gibi sanayi amaçlı kullanılan mikroorganizmaların, saf halde kullanılması gerekmektedir. Ayrıca laboratuvar araştırmalarında herhangi bir bozulma veya hastalık riskinin tespit eidlmesi için mikroorganizmanın saf durumda olması gerekmektedir.
Gıda mikrobiyolojisi açısından en önemli izolasyon uygulamalarından biri, yasal düzenlemelerle gıda maddeleri içinde bulunmasına izin verilmeyen salmonella, e. coli ve listeria gibi patojen mikroorganizmaların varlığını tespit etmektir. Laboratuvar çalışmalarında, gıdalarda bu bakterilerin kolonileri izole edilmektedir.
Kısaca izolasyon çalışmaları, karışık bir kültür içinden sadece istenen mikroorganizmaları saf halde elde etmek ya da saf olduğu düşünülen mikroorganizmaların saflık kontrolünü yapmak için gerçekleştirilmektedir. Bu nedenle de amaca göre farklı çalışma yöntemleri kullanılmaktadır.
Mikrobiyoloji çalışmalarında identifikasyon dendiği zaman, izole edilmiş bir mikroorganizmanın cins ve türünün belirlenmesi ifade edilmektedir. Bu çalışmalarda basit biyokimyasal testler yanında genetik, immunolojik veya immunoenzimatik gibi gelişmiş yöntemler de kullanılmaktadır.
İdentifikasyonda çalışmaları genel olarak üç aşamada yürütülmektedir. Önce morfolojik ve fizyolojik özellikler tespit edilmekte arkasından biyokimyasal testler yapılmaktadır. Daha sonra gerekli ise serolojik ve toksin belirleme analizleri yapılmaktadır.
İdentifikasyon çalışmaları deneyim isteyen, zorlu, uzun vakit alan ve pahalı uygulamalardır.
Gelişmiş laboratuvarlarda, mikrobiyolojik analizler çerçevesinde, gıda maddelerinde bacillus spp. izolasyon ve identifikasyon analizleri yapılmaktadır. Bu çalışmalar sırasında ilgili yasal düzenlemelere ve yerli ve yabancı kuruluşlar tarafından çıkarılan standartlara uyulmaktadır.